1、演化的历史不同
郡主是由郡公主这个词演化而来的，郡主始于晋。宋代以后，不仅是皇太子的女儿，连亲王的女儿也可以称为郡主，到了清代虽有郡主这一说法，但清代的郡主一般都称为“和硕格格”，并且只有和硕亲王的女儿才有资格成为和硕格格。
县主也是由县公主演变而来的，也是东汉时期出现，后来经过慢慢发展，在隋唐时期成为亲王之女的专属称号。在古代封建社会中，皇帝的女儿就被称为公主，公主也是对皇女、王女、宗女的一种普遍称谓。
2、身份不同
公主，是中国古代对皇女、王女、宗女的称号，在中国，最早周朝是称周天子的女儿为王姬。“郡主”属于是功臣之女，属于是诸侯的爵位，而县主是王爷的女儿属于是亲王的爵位，只有是朝廷重臣的女儿才会被皇帝封为郡主的称号，只有王爷的女儿才会被封为是县主的称号。
公主的封号通常有三种：
1、以国名：如宁国公主，霍国公主、岐国公主、陈国公主等。
2、以郡县名：称某某郡（县）公主，如新城公主、馆陶公主、长乐公主、平原公主、平阳公主等。但此处的郡公主、县公主仍是公主，而非“郡主”“县主”。
3、以美名：以各种褒义词命名，如太平公主、文成公主、药茶公主、安乐公主、宁定公主等。