你好，因为公司承担了你培训的费用（无论你有没有全程参加，公司都为你支付了这笔费用），你和公司签订了协议，协议期未满1年由于个人原因申请离职，，如果协议中明确指出从培训日起未满1年你不得因个人原因离职，那么这种情况属于你违反了合同，公司根据合同约定从你工资中扣除1000元是合理的。如果你们的协议中还注明了特殊情况，如：因个人身体不好不能胜任原工作而离职等，这种情况一般不属于违约的。
因为不知道你们的协议的具体内容，建议你带着协议咨询下专业律师，以免你的利益遭受损失。
法律分析：辞职被要求赔偿培训费的处理是，如果是违反劳动合同，要赔偿培训费。在合同期内辞职，而且参加过公司组织的培训，必须在公司服务多少年的，而且按服务年限来分摊培训费，劳动者在约定服务期辞职的，那么赔偿为分摊完的培训费。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》
第二十二条 用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。用人单位与劳动者约定服务期的，不影响按照正常的工资调整机制提高劳动者在服务期期间的劳动报酬。
第二十五条 除本法第二十二条 和第二十三条 规定的情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。
你自愿签的雇佣条款受法律保护，条款有明确说明就合法，没有说明或含糊不清，你可以申请劳动仲裁解决。
虽然公司是有培训支出，但是一定和你有约定费用支出协议才能约束你，大公司上万的培训费都这样做的。
公司花的钱多得去了，不能拿离职说事。
法律主观：
劳动者在试用期间辞职，如果公司要求交培训费的，一般不用交。为劳动者提供培训是公司的义务。但如果劳动者违反了服务期的约定，则需要按约定 支付违约金 ，违约金的数额不能超过用人单位提供的培训费用。
法律客观：《中华人民共和国劳动合同法》第二十条 劳动者在试用期的工资不得低于本单位相同岗位最低档工资或者劳动合同约定工资的百分之八十，并不得低于用人单位所在地的最低工资标准。 《工资支付暂行规定》第九条 劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。